各地药商在往来经营中，为贸易之便，逐渐按地区或经营种类，形成了帮会组织。药王庙中清乾隆五十六年(年)立《重修药王庙碑记》载，乾隆四十四年(年)，一些怀庆河内县(今河南省沁阳)商人鉴于“庙秃墙倾”，集资对药王庙进行修葺。从碑文记载看，当时“怀帮”尚未成立，但已集结起来共同活动。嘉庆年间所立碑文，出现“山西帮”和北京通州药商组成的“京通行”，山东药商组成的“山东厂”，专营某种药材的药商组成“黄芪行”“甘草厂”。可见帮的前身为“行”“厂”。“古北口帮”此时连“行”“厂”都未形成，故碑文只称“古北口众商”，本地药商则署“南药街众商”“华邑街众商”。
中药十三帮碑记清道光九年(年)，众药商集资立药王庙山门外铁旗杆1对，旗杆底座铸有捐资者姓名，其中正式称帮者已有“关东帮”“陕西帮”“山东帮”“山西帮”和“古北口帮”“黄芪帮”“京通卫帮”等七个帮口。正式提到“十三帮”则见清同治四年()年《河南彰德府武安县合帮新立碑》载：“......凡客商载药来售者，各分以省，省自为帮，各省共得十三帮，而河南彰德府之武安帮独阙”，“咸丰辛酉(年)冬，季公久青其同行孔公广能、胡公连之、梁公玉堂倡议兴立，一时义举，乐输者三百余家，则皆由于季公等一言之倡也。自辛酉迄癸亥(-年)共捐资若干，复得彰德解囊相助，共成义举，于是张灯悬彩剧酬神，自是武安帮遂因以成立。”碑文说明了“武安帮”成立的过程，又说明截止同治四年，除形成关东帮、京通卫帮、山东帮、山西帮、西北口帮、陕西帮、怀帮、黄芪帮、亳州帮、川帮、宁波帮、江西帮十三个药商帮口外，又新增“武安帮”。后“帮”数又有增加，但仍习称“十三帮”，民国世益堂、宝和、万玉、永德号等。关东帮居“十三帮”首位，民国时期各帮情况如下：
安客堂关东帮
居“十三帮”首位，包括东北及朝鲜的药商，总计不下四五百户，著名字号有世益堂、宝和、万玉、永德号等。主要来货有黄芪、老山人参、虎骨、黄柏、木通、细辛、胆草、木贼、党参、防风等，数量很大。去货多为南货，有川贝、川芎、白术、浙贝、赤芍、元胡、桂皮等。平汉铁路建成前，每次庙会来的镖车，络绎不绝，延续数里，当地居民称之为关东大军，后由北宁转平汉路至定县，再用大车运至安国。
京通卫帮
包括北京、通州、天津一带的药商。有一段时间宁波帮曾附属京帮。每届庙会到安国商户户左右。著名字号北京的有同仁堂、千艺堂、同济堂、协盛仁、庆仁堂、永盛合等;天津有隆顺榕、聚兴合、松茂堂、万年青、乾坤一堂、卫生堂、宝心堂、万全堂、瑞芝堂;通州有宝兴公号。北京的来货主要是同仁堂、同济堂的丸、散、膏、丹。去货有当归、大黄、木香、砂仁、党参等。天津的主要来货有川芎、槟榔、洋红花及香港运来的广货，有木香、犀角、丁香、山甲等。去货有甘草、赤芍、大黄、大青叶、龙甲、知母、紫菀、黄芪、桃仁等。这些货大部经天津转运香港销售。通州帮较小，只有几户成药铺，来药很少，庙会期间主要是来安国买生药。来货以平汉路至定县，再至安国。
山东帮
即山东一带药商。庙期来安国者户左右。以济南为集中地，著名字号有德成公、益利公、德兴堂、公顺成、金成利、万盛公、美成公、恒兴堂、六合泰、广德堂、源隆号、天成德、福成德等。来货主要是银花、清半夏、阿胶、瓜蒌、全虫等。去货主要是甘草、黄芪片、五味子、知母、黄芪等。来货路线，由津浦路至泊头镇，再以大车运至安国。
山西帮
包括山西药商和部分陕西药商。(山西帮中卖广药者为广帮)。庙期来安国户左右。以太谷、西安为集中地，著名字号有永春远、广茂远、广财远、聚升庆、永和堂等。主要来货是羚羊角、枸杞、冬花、小茴香、枳子等。去货有人参、山楂、川黄连、木香等。来路由榆次至定县转安国。
西北口帮
包括张家口、呼和浩特、包头一带药商。以包头为集中地。著名字号有中和李、春和裕、永和正、太和堂、颐寿堂等。庙期来安国30户左右。主要来货为当归、凉州大黄、库伦黄芪、防风、羚羊角、麝香等。去货主要有甲片、青木香、人参、细辛等。来路由平绥转定县至安国。
古北口帮
包括河北东北部即承德、八沟(平泉)一带药商，以营口为集中地。著名字号有长春堂、广德堂、锦泰堂、福元堂、增寿堂等。庙期来安国户左右。来货主要有赤芍、黄芪、防风、猪苓、桔梗等。去货与西北口帮同。
陕西帮
包括陕西、甘肃、宁夏一带药商。以汉中为集中地，著名字号有永隆全、福寿昌等。庙期来安国者有10多户。长驻者三、四户。来货主要有：当归、宁大黄、西麝香、甘大芸、枸杞等。去货有关东人参、细辛、广犀角、木香、砂仁、山甲等。来路由丰镇搭平绥转平汉至定县再至安国。
怀帮
包括河南怀庆府一带药商，以怀庆、郑州为集中地。著名字号有杜盛兴、水盛魁、永泰恒、水兴德等。庙期来安国80余户。常驻安国10余户，如常胜、魅盛等。来货有怀庆地产的生地、熟地、麝香、山药粉等。去货以人参、黄芪及其它北方货为主。
彰武帮
彰德、武安一带药商，以彰德为集中地，著名字号有大有恒、双和义、积盛合、德义沛、义盛德、德聚成等。庙期来安国多户。来货以菖蒲、白芷、桃仁、杏仁、花粉为主。去货主要为槟榔片、广角、木香、枳实等。来路由平汉至定县转安国。
亳州帮
包括安徽毫州一带药商。著名字号有东庆恒、魁兴长等。庙期来安国90客户，常驻14户。来货主要有亳菊花、白芍、亳故子、芦巴子等，去货多为东北货及山东货。来路由安徽亳州大车至开封，经陇海转平汉至定县转安国。
川帮
包括四川省药商，以成都为集中地。著名字号有五洲药庄。主要来货是川贝、川寸冬、川郁金、川云皮、冬虫草、麝香等。
宁波帮
包括浙江宁波一带药商，以上海为集中地、著名字号有昌记号、亨吉泰、鼎亨号、和泰号、源润号等。庙会来安国户左右，常驻者六七户。来货主要有白术、元参、元胡、寸冬、栀子、吴茱萸等。去货为黄芪、大芸、枸杞、冬花、银花等。该帮主要以南药换北药，并大量出口，运销香港、南洋、日本等地。来路由海道至天津，经北宁转平汉至定县转安国。
江西帮
包括江西、云南、贵州等地药商，庙期来安国20多户，以昆明为集中地。著名字号有聂振茂、志诚信、德厚昌、恒义泰、济春堂、荣茂号等，常驻安国四五户。来货主要是泽泻、朱砂、黄连、川羌、陈皮等。去货多为东北、山东货。来路由江西水运至汉口转平汉路至定县达安国。
禹州帮
包括禹州一带药商。禹州帮将川、云、贵的药材运到汉口或禹州，再转运安国销售，又从安国买货运回。著名的字号有新福兴药庄。禹州帮的来货以当归、大黄、川穹、黄连、白芷等为主。去货多为关东货、北方货，常驻安国十几户。
广帮
包括广东、广西、南洋一带药商。虽名为广帮、但药商多为山西人。著名字号有广全聚、广升远等。广帮运销的大部分是进口货，如大西洋的龙涎香、非洲的犀牛角、美国的花旗参、日本的西药、泰国的暹罗角和印度的木香、乳香、没药、番泻叶、芦荟、丁香及越南的砂仁、豆蔻、肉桂等。去货以熟芪、鹿茸、人参为主。庙会来安国30多家，常驻十余家。
黄芪帮
该帮多是安国本地人，有多家、著名字号有人和堂、新德昌、太和春、敦生堂、永和堂、西天锡、德兴庆、德和公、三合堂、通生堂、三盛德等。专搞黄芪加工，货源主要来自关外、山西等地。